ผู้ร้องเรียนได้ยื่นหนังสือร้องเรียนต่อผู้ตรวจการแผ่นดินว่าการเคหะแห่งชาติไม่สามารถดำเนินการโอนกรรมสิทธิ์ห้องชุดบ้านเอื้ออาทรโครงการบางขุนเทียน 3 ได้ตามสัญญา กล่าวคือสัญญาจะซื้อจะขายห้องชุดบ้านเอื้ออาทร ข้อ 8 ระบุว่า หากสัญญาอายุครบ 5 ปี การเคหะแห่งชาติจะดำเนินการโอนกรรมสิทธิ์ห้องชุดให้แก่ผู้เช่าซื้อ แต่เมื่อสัญญาอายุครบ 5 ปีแล้ว การเคหะแห่งชาติยังไม่สามารถดำเนินการโอนกรรมสิทธิ์ห้องชุดบ้านเอื้ออาทรให้แก่ผู้ร้องเรียนได้
ผู้ตรวจการแผ่นดินแสวงหาข้อเท็จจริง พบว่าคณะรัฐมนตรีมีมติให้การเคหะแห่งชาติดำเนินโครงการบ้านเอื้ออาทร ซึ่งรัฐบาลเห็นว่าหากโครงการบ้านเอื้ออาทรต้องทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA) จะทำให้เกิดความล่าช้าในการดำเนินโครงการไม่เป็นไปตามนโยบายรัฐบาลในขณะนั้น จึงให้สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม กำหนดมาตรการเฉพาะให้โครงการบ้านเอื้ออาทรไม่ต้องทำ EIA เต็มรูปแบบ จนกระทั่ง พ.ศ. 2550 คณะรัฐมนตรีมีมติให้ปรับลดขนาดโครงการลงด้วยเนื่องจากเกรงว่าการก่อสร้างจะเกินความต้องการของประชาชน (Over Supply) เมื่อมีการปรับลดจำนวนอาคารชุดลงและปรับย้ายที่ตั้งบางอาคาร ทำให้การก่อสร้างโครงการไม่ตรงตามแบบแปลนที่ยื่นไปและผิดเงื่อนไขที่กำหนดว่าจะต้องไม่มีการเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการหรือกิจการ จึงทำให้บ้านเอื้ออาทรโครงการบางขุนเทียน 3 ต้องย้อนกลับมาทำ EIA เต็มรูปแบบ เพื่อให้นายทะเบียนอาคารชุดสามารถจดทะเบียนอาคารชุดให้ได้ มิฉะนั้นจะเป็นการจดทะเบียนอาคารชุดที่มิชอบด้วยกฎหมาย
ภายหลังผู้ตรวจการแผ่นดินได้เสนอแนะให้การเคหะแห่งชาติ สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม กรมโยธาธิการและผังเมือง และกรุงเทพมหานคร ร่วมมือกันขจัดความเดือดร้อนของประชาชน ซึ่งผลของการร่วมกันแก้ไขปัญหาดังกล่าว การเคหะแห่งชาติสามารถจดทะเบียนนิติบุคคลอาคารชุดและประชาชนได้รับการโอนกรรมสิทธิ์บ้านเอื้ออาทรโครงการบางขุนเทียน 3 ได้แล้ว รวมถึงโครงการอื่น ๆ ข้างต้นกว่า 7,500 หน่วย นอกจากนี้ ประชาชนยังได้ลดหย่อนค่าธรรมเนียมจดทะเบียนสิทธิและนิติกรรมตามกฎหมายว่าด้วยอาคารชุดโดยจะเสียค่าธรรมเนียมการจดทะเบียนโอนห้องชุดและค่าจดจำนองห้องชุดในอัตราร้อยละ 0.01 เนื่องจากบ้านเอื้ออาทรมีราคาต่อห้องไม่เกิน 1 ล้านบาท ซึ่งจากเดิมจะต้องเสียค่าใช้จ่ายหลักหมื่นบาท ก็เหลือเพียงหลักร้อยบาทเท่านั้น
