ระยะเริ่มแรก         ศูนย์ศึกษาผู้ตรวจการแผ่นดิน หรือ Ombudsman Studies Center จัดตั้งขึ้นภายใต้กรอบบันทึกข้อตกลงความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช กับ สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินของรัฐสภา (ในขณะนั้น) ที่ได้ลงนามเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2544 โดยข้อตกลงดังกล่าวมีความมุ่งหมายให้จัดตั้งศูนย์ศึกษาผู้ตรวจการแผ่นดินที่มีรูปแบบการดำเนินงานในลักษณะของการสร้างเครือข่ายความร่วมมือ (Network) มีการบริหารจัดการในรูปคณะกรรมการที่ประกอบด้วยตัวแทนจากหน่วยงานทั้งสองฝ่ายและผู้ทรงคุณวุฒิ ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและแนวทางการบริหาร โดยมีผู้อำนวยการศูนย์ ทำหน้าที่รับผิดชอบในการบริหาร ทั้งนี้ เพื่อบรรลุวัตถุประสงค์สำคัญ 3 ประการ คือ

รวบรวมข้อมูลข่าวสารที่เกี่ยวกับสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดิน(ของรัฐสภา) ของไทยและต่างประเทศ และเผยแพร่ความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดิน (ของรัฐสภา) แก่กลุ่มเป้าหมายต่างๆ ในภาครัฐ ภาคธุรกิจเอกชน และภาคประชาชน ศึกษาและวิจัยเพื่อพัฒนางานของสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดิน (ของรัฐสภา) รวมทั้งการศึกษาเพื่อนำไปสู่การแก้ไข ปรับปรุงกฎหมาย กฎและระเบียบของทางราชการที่ไม่เป็นธรรมต่อประชาชน จัดฝึกอบรมและสัมมนาเพื่อสร้างจิตสำนึกในการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ของรัฐ และก่อให้เกิดธรรมาภิบาลในระบบการบริหารการจัดการของรัฐ

ระยะที่สอง      อย่างไรก็ตาม จากปัญหาความล่าช้าในการประสานงานระหว่างองค์กร และข้อจำกัดเรื่องสถานที่ตั้งทำให้ศูนย์ศึกษาผู้ตรวจการแผ่นดินจึงมิได้เกิดขึ้นอย่างเป็นรูปธรรม จนกระทั่งเมื่อรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 มีผลใช้บังคับ ได้เกิดความเปลี่ยนแปลงหลายประการกับผู้ตรวจการแผ่นดิน ที่สำคัญคือ ภารกิจและอำนาจหน้าที่ที่เปลี่ยนแปลงเพิ่มเติมขึ้นจากเดิม ดังนั้น เพื่อเป็นการรองรับงานตามภารกิจที่เพิ่มขึ้น ผู้ตรวจการแผ่นดินจึงได้มีประกาศ เรื่อง ปรับปรุงโครงสร้างการแบ่งงานและขอบเขตหน้าที่ของงานในสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2550 โดยจัดแบ่งงานของสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินออกเป็น 16 สำนัก กับอีก 2 หน่วยงาน ซึ่งหนึ่งในนั้น คือ ศูนย์ศึกษาผู้ตรวจการแผ่นดิน มีขอบเขตหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับงานศึกษาเปรียบเทียบระบบผู้ตรวจการแผ่นดิน งานเอกสารวิชาการ/เผยแพร่ งานบริการวิชาการ งานวิเทศสัมพันธ์ ตลอดจนปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย     ระยะที่สาม      ต่อมา สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างหน่วยงานอีกครั้งตามคำสั่งการปรับปรุงโครงสร้างการแบ่งงานและขอบเขตหน้าที่ของงานในสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน เรื่อง การจัดแบ่งส่วนงานและขอบเขตหน้าที่ของส่วนงานในสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน พ.ศ.2556 ประกาศ ณ วันที่ 1 มีนาคม 2556 และประกาศลงในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 130 ตอนที่ 22 ก หน้า 3-11 วันที่ 11 มีนาคม 2556 จัดแบ่งงานของสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินออกเป็น 14 สำนัก กับอีก 1 หน่วยงาน คือ สถาบันผู้ตรวจการแผ่นดินศึกษา มีหน้าที่ศึกษาวิเคราะห์ วิจัยเสนอแนะและพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับองค์กรผู้ตรวจการแผ่นดิน พร้อมจัดทำแผนการศึกษาวิจัยประจำปี ตลอดจนบริหารจัดการงานศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการใช้อำนาจหน้าที่ของผู้ตรวจการแผ่นดิน ประมวลข้อมูล จัดหมวดหมู่สารสนเทศด้านวิชาการ เพื่อให้เกิดองค์ความรู้ พัฒนาระบบ รูปแบบการดำเนินงานของสำนักงาน ตลอดจนเผยแพร่องค์ความรู้เกี่ยวกับองค์กรผู้ตรวจการแผ่นดิน ดำเนินการเกี่ยวกับงานวิชาการ งานวิเทศสัมพันธ์ งานวารสารและเอกสารจดหมายข่าวเผยแพร่ จัดทำรายงานประจำปี ประสานความร่วมมือกับผู้ตรวจการแผ่นดินของต่างประเทศหรือองค์กรต่างประเทศ รวมถึงการสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการกับต่างประเทศดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารจัดการห้องสมุด งานพิพิธภัณฑ์และหอจดหมายเหตุผู้ตรวจการแผ่นดิน ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำข้อมูลสถิติและสารสนเทศเกี่ยวกับเรื่องร้องเรียนรวมไปถึงการปฏิบัติงานสนับสนุนงานด้านวิจัยและวิชาการของสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือตามที่ได้รับมอบหมาย โดยมีรายละเอียดดังนี้   ภารกิจสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดินศึกษา 1. พิจารณา เสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับการเสนอแนะนโยบายและแผนปฏิบัติการประจำปีด้านงานวิจัย งานวิชาการ และเผยแพร่ งานห้องสมุด จดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ 2. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัยในประเด็นสาคัญ เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการปฏิบัติงานของผู้ตรวจการแผ่นดิน 3. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน แสวงหาทุนสนับสนุนให้มีการวิจัยและร่วมมือกับองค์กรหรือสถาบันการศึกษาในการพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับงานของผู้ตรวจการแผ่นดินและสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 4. ดาเนินการเกี่ยวกับงานวิชาการ งานวารสารผู้ตรวจการแผ่นดิน งานบทความทางวิชาการ การจัดทาหนังสือรวมคำวินิจฉัยของผู้ตรวจการแผ่นดิน และการศึกษาเปรียบเทียบระบบงานของผู้ตรวจการแผ่นดินไทยหรือองค์กรตรวจสอบการใช้อำนาจรัฐของไทยกับต่างประเทศ 5. จัดทำรายงานประจาปีเพื่อเสนอต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภา 6. เผยแพร่ สนับสนุนให้มีการนำผลงานวิจัยและวิชาการไปประยุกต์ใช้อย่างเป็นรูปธรรม และเป็นศูนย์กลางข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับงานวิจัยและวิชาการของผู้ตรวจการแผ่นดิน และสานักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 7. ศึกษา วิเคราะห์ จัดทาข้อมูล สถิติ และสารสนเทศเกี่ยวกับการแสวงหาข้อเท็จจริงตลอดจนการจัดเก็บและการให้บริการยืม – คืนเอกสารสำนวน 8. ดำเนินการเกี่ยวกับงานห้องสมุด งานหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ผู้ตรวจการแผ่นดิน การให้คาปรึกษา แนะนา ช่วยเหลือ รวมถึงสนับสนุนด้านการวิจัยและวิชาการ 9. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย  งานจัดทำและเผยแพร่รายงานประจำปี 1. จัดทำรายงานประจาปีและเผยแพร่รายงานตามที่รัฐธรรมนูญและกฎหมายกำหนด 2. เผยแพร่รายงานฯ ต่อสาธารณะและกลุ่มเป้าหมายต่างๆ ตามที่กฎหมายกำหนด 3. รายงานประจำปีเพื่อคนพิการทางสายตา (อักษรเบรลล์ และหนังสือเสียง) 4. การเตรียมข้อมูลเพื่อชี้แจงต่อ สส. และ สว. ตามมาตรา 39 ภายในหนึ่งร้อยแปดสิบวันนับแต่วันสิ้นปีงบประมาณ ให้ผู้ตรวจการแผ่นดินทำรายงานประจำปีเสนอต่อคณะรัฐมนตรีและรัฐสภา โดยอย่างน้อยให้ผู้ตรวจการแผ่นดินสรุปปัญหา อุปสรรค และข้อเสนอแนะในการดาเนินการด้วย และเผยแพร่ให้ประชาชนทราบเป็นการทั่วไป ทั้งนี้ ให้ผู้ตรวจการแผ่นดินมาแถลงรายงานประจำปีต่อรัฐสภาด้วย งานวารสารวิชาการและเอกสารเผยแพร่ทางวิชาการ 1. จัดทำวารสารเพื่อเผยแพร่ผลงาน/ความรู้เกี่ยวกับผู้ตรวจการแผ่นดิน 2. การเขียนบทความทางวิชาการ 3. จัดทำเอกสารเพื่อเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับผู้ตรวจการแผ่นดิน/จดหมายข่าว (ภาษาไทยและภาษาอังกฤษ) 4. การจัดทำหนังสือรวมคำวินิจฉัยของผู้ตรวจการแผ่นดิน งานจัดสำนวนและเรื่องร้องเรียน 1. จัดเก็บ ดูแล ให้บริการยืมคืน เอกสารเรื่องร้องเรียนที่ดาเนินการแล้วเสร็จ 2. บันทึกเอกสารในรูปแบบอิเล็กทรอนิกส์ (PDF fulltext) และจัดเก็บในระบบสำนักงานอัตโนมัติ เพื่อให้เจ้าหน้าที่สามารถสืบค้นได้ด้วยตนเอง งานศึกษาวิจัย 1. งานศึกษา วิเคราะห์ วิจัยในประด็นสำคัญ เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการปฏิบัติงานของผู้ตรวจการแผ่นดิน 2. งานประสาน ส่งเสริม สนับสนุน แสวงหาทุนสนับสนุนให้มีการวิจัยและร่วมมือกับองค์กรหรือสถาบันการศึกษาในการพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับงานของผู้ตรวจการแผ่นดินและสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 3. เผยแพร่ สนับสนุนให้มีการนาผลงานวิจัยและวิชาการไปประยุกต์ใช้อย่างเป็นรูปธรรม และเป็นศูนย์กลางข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับงานวิจัยและวิชาการของผู้ตรวจการแผ่นดินและสานักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 4. สำรวจความพึงพอใจของผู้ร้องเรียนต่อการให้บริการของสานักงานฯ 5. การศึกษาเปรียบเทียบระบบงานของผู้ตรวจการแผ่นดินไทยหรือองค์กรตรวจสอบการใช้อานาจรัฐของไทยกับต่างประเทศ งานห้องสมุด พิพิธภัณฑ์ หอจดหมายเหตุและพัฒนาองค์ความรู้ผู้ตรวจการแผ่นดิน 1. จัดทำฐานข้อมูลหนังสือ วิทยานิพนธ์ ที่เกี่ยวข้องกับผู้ตรวจการแผ่นดิน 2. งานวิเคราะห์หมวดหมู่และจัดหาทรัพยากรสารสนเทศลงระบบห้องสมุดอัตโนมัติ 3. ช่วยสืบค้นข้อมูล ให้บริการยืมคืนหนังสือ ให้ความช่วยเหลือในการยืมหนังสือต่างห้องสมุด 4. งานพิพิธภัณฑ์และหอจดหมายเหตุผู้ตรวจการแผ่นดิน 5. งานเว็บไซต์สถาบันผู้ตรวจการแผ่นดินศึกษา ระยะที่สี่      สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างหน่วยงานอีกครั้งตามระเบียบผู้ตรวจการแผ่นดินว่าด้วยการจัดแบ่งส่วนงานและขอบเขตหน้าที่ของส่วนงานในสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน พ.ศ. 2561 ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 135 ตอนที่ 3 ก หน้า 22-32 วันที่ 24 มกราคม 2561 แบ่งส่วนงานของสานักงานผู้ตรวจการแผ่นดินเป็น 16 สานัก และ 1 หน่วยตรวจสอบภายใน โดยสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดินศึกษามีภารกิจเกี่ยวกับการวิจัย วิชาการ การบริการวิชาการและเผยแพร่ งานจัดทำรายงานประจาปี งานห้องสมุด จดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ผู้ตรวจการแผ่นดิน โดยมีหน้าที่และอานาจดังต่อไปนี้ 1. พิจารณา เสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กากับดูแล และ ดำเนินการเกี่ยวกับการเสนอแนะนโยบายและแผนปฏิบัติการประจาปีด้านงานวิจัย งานวิชาการ และ เผยแพร่ งานห้องสมุด จดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ 2. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัยในประเด็นสำคัญ เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการปฏิบัติงานของผู้ตรวจการแผ่นดิน 3. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน แสวงหาทุนสนับสนุนให้มีการวิจัยและร่วมมือกับองค์กรหรือ สถาบันการศึกษาในการพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับงานของผู้ตรวจการแผ่นดินและสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 4. ดาเนินการเกี่ยวกับงานวิชาการ งานวารสารผู้ตรวจการแผ่นดิน งานบทความ ทางวิชาการ การจัดทาหนังสือรวมคำวินิจฉัยของผู้ตรวจการแผ่นดิน และการศึกษาเปรียบเทียบระบบงานของผู้ตรวจการแผ่นดินไทยหรือองค์กรตรวจสอบการใช้อำนาจรัฐของไทยกับต่างประเทศ 5. จัดทำรายงานประจาปีเพื่อเสนอต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภา 6. เผยแพร่ สนับสนุนให้มีการนำผลงานวิจัยและวิชาการไปประยุกต์ใช้อย่างเป็นรูปธรรม และเป็นศูนย์กลางข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับงานวิจัยและวิชาการของผู้ตรวจการแผ่นดิน และสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 7. ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำข้อมูล สถิติ และสารสนเทศเกี่ยวกับการแสวงหาข้อเท็จจริง ตลอดจนการจัดเก็บและการให้บริการยืม - คืนเอกสารสานวน 8. ดำเนินการเกี่ยวกับงานห้องสมุด งานหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ผู้ตรวจการแผ่นดิน การให้คาปรึกษา แนะนา ช่วยเหลือ รวมถึงสนับสนุนด้านการวิจัยและวิชาการ 9. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนงานอื่นที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติงานอื่น ตามที่ได้รับมอบหมาย ในปี พ.ศ. 2563 สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินได้แบ่งโครงสร้างภายในของสถาบันผู้ตรวจการแผ่นดินศึกษาออกเป็น 2 ส่วน ได้แก่ ส่วนวิจัยและวิชาการ และส่วนวิชาการเละเผยแพร่ มีหน้าที่ดังนี้ 1. ส่วนวิจัยและพัฒนา มีหน้าที่หลักได้แก่ 1.1 ศึกษาวิเคราะห์ วิจัยในประเด็นสาคัญ เพื่อส่งเสริมสนับสนุนการปฏิบัติงานของผู้ตรวจการแผ่นดิน 1.2 ศึกษาเปรียบเทียบระบบงานของผู้ตรวจการแผ่นดินไทยหรือองค์กรตรวจสอบการใช้อำนาจรัฐของไทยกับต่างประเทศ 1.3 ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน แสวงหาทุนสนับสนุนให้มีการวิจัยและร่วมมือกับองค์กรหรือสถาบันการศึกษาในการพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับงานของผู้ตรวจการแผ่นดินและสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 1.4 ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำข้อมูลสถิติ และสารสนเทศเกี่ยวกับการแสวงหาข้อเท็จจริง ตลอดจนการจัดเก็บและการให้บริการยืม-คืนเอกสารสานวน 2. ส่วนวิชาการและเผยแพร่ มีหน้าที่หลัก ได้แก่ 2.1 การดำเนินงานเกี่ยวกับงานวิชาการ งานวารสารผู้ตรวจการแผ่นดิน งานบทความทางวิชาการการจัดทาหนังสือรวมคำวินิจฉัยของผู้ตรวจการแผ่นดิน 2.2 การจัดทำรายงานประจาปีเพื่อเสนอต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภา 2.3 เผยแพร่ สนับสนุนให้มีการนาผลงานวิจัยและวิชาการไปประยุกต์ใช้อย่างเป็นรูปธรรม และเป็นศูนย์กลางข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับงานวิจัยและวิชาการของผู้ตรวจการแผ่นดินและสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดิน 2.4 ดำเนินการเกี่ยวกับงานห้องสมุด งานหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ผู้ตรวจการแผ่นดิน การให้คำปรึกษา แนะนา ช่วยเหลือ รวมถึงสนับสนุนด้านการวิจัยและวิชาการ